Escribió innumerables cuadernos de canciones, algunas obras para piano, el oratorio Escenas de la Biblia y un trío para piano violín y violonchelo, quizá su obra más importante. Las romanzas sin palabras eran el género preferido por su hermano, pero es posible que el honor de la invención de este género fuera de Fanny. Su viaje a Italia fue un acontecimiento imborrable para ella, cambiándola profundamente. Su música tuvo gran influencia en compositores como Charles Gounod. Murió el 14 de mayo de 1847, antes de cumplir los 41 años. Seis meses más tarde moría su hermano menor Félix Mendelssohn. Lamentablemente, algunas de sus composiciones se han perdido o permanecen ocultas en colecciones privadas